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【中国科学报】头版：用古DNA和基因组完成“庖丁解原牛”
古DNA 基因组 庖丁解原牛 雷初朝
2025/2/19
作为国家肉牛牦牛产业技术体系肉牛种质资源评价岗位科学家，西北农林科技大学动物科技学院教授雷初朝过去20余年对全球不同牛种的遗传和基因进行了研究，人称“牛专家”。近期，雷初朝等在东亚原牛研究方面取得新成果，首次揭示了已灭绝东亚原牛的演化历史及其对东亚家牛的遗传贡献。相关论文发表于《科学通报》（英文版）并被选为封面论文。
UVR8 interacts with de novo DNA methyltransferase and suppresses DNA methylation in Arabidopsis
DNA methylation Light responses Plant signalling
2023/12/11
DNA methylation is an important epigenetic gene regulatory mechanism conserved in eukaryotes. Emerging evidence shows DNA methylation alterations in response to environmental cues. However, the mechan...
Harmonizing Forest Conservation Policies with Essential Biodiversity Variables Incorporating Remote Sensing and Environmental DNA Technologies
environmental DNA essential biodiversity variables forest conservation policies indicators remote sensing biodiversity products
2023/12/8
It remains difficult to compare the state of conservation of forests of different nations. Essential Biodiversity Variables (EBVs) are a set of variables designed as a framework for harmonizing biodiv...
Extrachromosomal circular DNA: A neglected nucleic acid molecule in plants
eccDNA eccDNA sequencing Transposable elements Environmental adaptation
2023/11/16
Throughout the years, most plant genomic studies were focused on nuclear chromosomes. Extrachromosomal circular DNA (eccDNA) has largely been neglected for decades since its discovery in 1965. While i...
创新点：（1）创建了杂交水稻品种真实性和种子纯度DNA指纹鉴定方法，实现检测结果准确性和时效性的统一。（2）开发了简便实用的检测试剂盒，实现降本增效。（3）建立了全国杂交水稻主产区主栽品种指纹数据库和数字身份证，实现品种DNA指纹实时查询和比对。形成国家、行业标准各1项，地方标准2项，发明专利7项。采用DNA指纹鉴定技术标准结合检测试剂盒、指纹数据库结合品种身份证等技术措施；运用“科研单位+检测机...
本标准规定了林木 DNA 条形码构建中样本采集策略、核心 DNA 条形码片段选取标准、DNA 提取技术和保存、序列测定和编辑方法、系统发育关系构建等技术要求。本标准适用于林木DNA条形码的构建。
An integrated platform and meta-learner for feature engineering machine learning analysis and modeling of DNA, RNA and protein sequence data
python 工具包 蛋白质序列
2024/5/17
一个全面和通用的基于python的工具包，集成了特征提取、聚类、归一化、选择、降维、预测器构建、最佳描述符/模型选择、集成学习和DNA、RNA和蛋白质序列结果可视化的功能。用户只需要上传自己的数据集，并从中计算出自己需要的功能，所有必要的程序和优化设置都由软件自动完成。iLearn包括DNA、RNA和蛋白质的各种描述符，支持四种特征输出格式，以便于直接使用输出或与其他计算工具通信。总的来说，iLe...
为揭示油菜黑胫病菌的致病分子机理，基于已建立的Leptosphaeria biglobosa突变体库，随机挑选16个突变体，对其致病力进行检测，筛选到12个致病力下降的突变体。并对其中6个致病力显著减弱突变体的菌落生长特性、生长速率、产孢量进行测定，结果显示，T1、T3、T4、T7突变体与野生型nm-1菌落形态相比没有明显差异，T9、T11与野生型nm-1相比，菌丝形态致密，没有产孢；T1、T3、...
本试验旨在研究甜菜碱对鹅胚原代肝细胞脂肪代谢和DNA甲基化的影响及调控机制。以鹅胚原代肝细胞为试验对象，试验1：研究不同浓度[0（对照）、2.5、5.0和10.0 mmol/L]甜菜碱培养液对鹅胚原代肝细胞DNA甲基化相关酶活性和泛酰巯基乙胺酶-1（VNN-1）启动子区域DNA甲基化的影响；试验2：研究不同处理[正常培养液（对照）、5.0 μmol/L DNA甲基化酶抑制剂（AZA）、5.0 mm...
线粒体DNA在先天性免疫中的作用
线粒体DNA 先天性免疫 感染 炎性疾病
2021/3/5
线粒体是细胞内重要的细胞器，具有多种功能，是细胞的能量工厂。线粒体含有自己的遗传物质线粒体DNA，线粒体DNA因其在氧化磷酸化中的作用而广为人知。近年来，越来越多的研究表明线粒体DNA可作为先天性免疫系统的激动剂，并在病原体感染和炎性疾病的病理发展中起重要作用。线粒体DNA在进入细胞质或细胞外环境后，可以激活多种先天性免疫系统的模式识别受体，从而触发促炎细胞因子分泌和Ⅰ型干扰素反应。因此，本文就线...
实验红鲫线粒体DNA条形码特征分析及应用
实验红鲫 线粒体DNA DNA条形码 系统进化树
2020/12/18
为探索建立具有实验红鲫品系特异性的线粒体DNA条形码，对鲫属品种进行鉴定。本研究以实验红鲫和鲫属其他鱼类(洞庭湖鲫、日本白鲫、大眼鲫、兰氏鲫、金鱼、湘军金鱼和湘军花鲫)为测试群体，利用Sanger测序对所有个体的线粒体COⅠ、COⅢ、Cytb这3个基因和D-loop进行测序，同时构建3个基因的拼接序列，并分析它们的序列特征和10种鲫属鱼类分子系统进化的聚类特征。结果显示，COⅠ、COⅢ、Cytb这...
本研究计划构建能同时表达牛病毒性腹泻病毒（BVDV）和牛传染性鼻气管炎病毒（IBRV）优势抗原基因的重组质粒并研究其免疫效果，旨在为BVD-IBR二联核酸疫苗的研制提供参考。采用PCR扩增目的基因E0及gD并将其依次连接至真核表达载体pVAX1-IRES中，构建pVAX1-E0-IRES-gD重组真核表达载体；将pVAX1-E0-IRES-gD转染至293T细胞中，间接免疫荧光法检测目的基因在细胞...
基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究
楸子 叶绿体DNA 单倍型 遗传多样性
2020/6/17
利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列，基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异，从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和...
随着我国玉米品种审定制度的改革和参试渠道的扩宽，近年来玉米参试组合年均近8 000份，为了解我国近几年育种水平、发展趋势和存在的问题，对2014-2019年共计2 949份国家玉米品种试验参试组合进行DNA指纹检测和遗传多样性分析。40个SSR位点，平均每个位点检测到14.55个等位变异，平均遗传多样性和PIC（多样性信息）分别为0.71和0.67。2014-2019年不同年份参试组合的遗传多样性...