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基于GPGPU的生物序列快速比对
生物信息学 序列比对 通用图形处理器 Smith-Waterman算法 OpenCL框架
2012/3/12
在CPU-GPU异构平台下，提出一种高效的生物序列比对方案。该方案利用GPU的并行处理能力，通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化，在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法，加快生物序列比对速度。实验结果证明，与CPU上传统的串行算法相比，该算法最高可获得约100倍的性能提升。