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中国科学院上海营养与健康研究所邵振研究组建立用于多样本ChIP-seq数据分组定量比较的MAnorm2计算模型（图）
邵振 多样本ChIP-seq 数据分组 定量比较 MAnorm2 计算模型
2020/12/2
2020年11月19日，Genome Research在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所中科院计算生物学重点实验室（马普伙伴计算生物学研究所）邵振课题组的方法学论文“MAnorm2 for quantitatively comparing groups of ChIP-seq samples”，报道了其开发的新一代MAnorm2计算模型。该模型能够对多样本ChIP/ATAC-seq数据按照特...
北京大学何爱彬研究组开发高通量单细胞ChIP-seq技术——CoBATCH并解析多器官内皮细胞谱系发育的表观与功能异质性（图）
北京大学 何爱彬 高通量 单细胞ChIP-seq技术 多器官 内皮细胞谱系发育
2019/8/30
2019年8月27日，北京大学分子医学研究所，北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员何爱彬研究组在Molecular Cell杂志在线发表题为“CoBATCH for high-throughput single-cell epigenomic profiling”的文章，报道了一种新的具有普适性、易操作、高通量和高质量的单细胞ChIP-seq技术，并将其命名为CoBATCH（combinato...
近日，法国巴黎文理研究大学等科研人员在Nature Genetics上发表了题为“High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer”的文章，利用高通量单细胞ChIP-seq确定了乳腺癌染色质状态的异质性。
Multiple testing of local maxima for detection of peaks in ChIP-Seq data
False discovery rate kernel smoothing matched filter Poisson sequence topological inference
2013/6/14
A topological multiple testing approach to peak detection is proposed for the problem of detecting transcription factor binding sites in ChIP-Seq data. After kernel smoothing of the tag counts over th...
ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段. 近年来, 随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展, 研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一. 然而, 目前报道的分析方法主要是基于对免疫共沉淀获得的DNA片段进行片段大小选择后的ChIP-Seq数据, 也就是主要针对Solexa系统获得的数据进行分析的算法. SOLiD系统是目前...