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钝裂银莲花花色素合成相关基因qRT-PCR内参基因的筛选
钝裂银莲花 实时荧光定量PCR 内参基因 筛选 稳定性 类黄酮/花青素合成途径
2021/3/12
为了筛选适合于钝裂银莲花类黄酮/花青素合成途径中相关基因qRT-PCR表达分析时的内参基因，根据钝裂银莲花蓝/白不同花色花器官组织的转录组测序结果，选取了多聚泛素酶基因（polyubiquitin，UBQ）、微管蛋白基因（β-tubulin，β-TUB）、水通道蛋白基因（aquaporin，AQP）、肌动蛋白基因（actin，ACT）、甘油醛–3–磷酸–脱氢酶基因（glyceraldehyde-3...
在218份马铃薯材料中筛查晚疫病持久抗性基因RB和R8标记的基础上，进一步筛查了马铃薯X病毒（PVX）和马铃薯Y病毒（PVY）极端抗性基因Rx1和Ryadg的标记。利用筛查出的含有Rx1和RB标记的‘德薯3号’和含有Ryadg和R8标记的P182马铃薯资源材料混合DNA为模板，选择已报道的Rx1和Ryadg的标记引物，并根据RB和R8序列设计特异引物，同时设计马铃薯GBSS基因特异引物为内参监控P...
为了明确引起杏衰退萎黄病的病毒种类，利用小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA）高通量测序技术，结合生物信息寻找杏衰退萎黄样品中的病毒序列，发现存在亚洲李属病毒1（Asian prunus virus 1，APV1）和亚洲李属病毒3（Asian prunus virus 3，APV3）。为了验证该结果，采用RT-PCR对10个待测杏样品进行APV1、APV2和APV3...
根据文献报道和GenBank 已登录序列设计引物建立了马铃薯Y 病毒（potato virus Y，PVY）实时荧光定量RT-PCR检测技术体系。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系，相关系数R2 为0.991 2，可特异性检测PVY，灵敏度达常规RT-PCR 的1 000 倍，重复性好。利用建立的检测方法对山东省、青海省、贵州省、黑龙江省和河北省5 个地区马铃薯植株中的PVY 进行...
莲藕中甘薯潜隐病毒实时荧光定量PCR检测技术的建立及应用
莲藕 甘薯潜隐病毒 实时荧光定量PCR
2020/9/14
甘薯潜隐病毒莲藕分离物（sweet potato latent virus-lotus，SPLV-lotus）在江苏省莲藕产区普遍引起发病，并且该分离物序列与已报道的SPLV甘薯分离物存在较大差异。为进一步监测SPLV-lotus在莲藕上的发生情况，针对SPLV-lotus的CP基因设计并优化特异性引物QSPLV-lotus3-F/QSPLV-lotus3-R，通过优化引物浓度和退火温度条件，构建...
为了明确近期新西兰报道的侵染猕猴桃的新病毒——猕猴桃病毒1（Actinidia virus 1，AcV-1）在四川地区猕猴桃上的发生情况及其分子特性，采用RT-PCR对来自四川6个地区疑似感染病毒的90份猕猴桃主栽品种‘红阳’和‘金果’的叶片样品进行检测。结果表明，22份样品为AcV-1阳性，检出率为24.4%。将获得的5个AcV-1分离物和已报道的新西兰分离物K75的外壳蛋白（coat prot...
葡萄蚕豆萎蔫病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法及应用
葡萄 葡萄蚕豆萎蔫病毒 实时荧光定量RT-PCR RT-PCR
2020/2/10
建立了葡萄蚕豆萎蔫病毒（Grapevine fabavirus，GFabV）的实时荧光定量RT-PCR（RT-qPCR）检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系（扩增效率103.8%，相关系数0.998），灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍，并具有特异性。采用RT-qPCR和常规RT-PCR方法对葡萄不同发育时期及不同部位的316个样品进行检测，结果表明RT-qPCR方法对G...
柑橘衰退病毒（CTV）、柑橘碎叶病毒（CTLV）、柑橘黄化脉明病毒（CYVCV）和柑橘叶斑驳病毒（CLBV）是影响柑橘生产的重要病毒性病害，建立快速、准确的检测方法是防控该病害的基础。本研究通过筛选针对4种病毒基因组保守区域设计的特异性引物，优化影响多重RT-PCR扩增的引物浓度、退火温度，建立了可同时扩增4种病毒的多重RT-PCR检测体系。该检测体系扩增的特异片段大小分别是CTLV 889 bp...
为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类，利用小干扰RNA（siRNA）高通量测序技术，结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列，发现存在烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild green mosaic virus，TMGMV）和番茄斑驳花叶病毒（Tomato mottle mosaic virus，ToMMV）。为了验证该结果，对待测样品中TMGMV和ToMMV的外壳蛋白（coat prot...
以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种（Pseudomonas syringae pv. tomato，Pst）的致病相关基因HrpZ为靶序列，设计了特异性引物Pst3F/Pst3R，能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PCR检测技术体系的检测灵敏度比普通PCR高1 000倍。利用实时荧光定量PCR检测体系，检测模拟带菌种子中Pst的...
针对引起番茄细菌性病害的细菌性斑点病菌（Pseudomonas syringae pv. tomato，Pst）、溃疡病菌（Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis，Cmm）、青枯病菌（Ralstonia solanacearum，Rs）以及疮痂病菌（Xanthomonas campestris pv. vesicatoria，Xcv），建立了四...
葡萄病毒A实时荧光定量RT-PCR检测技术的建立及应用
葡萄 葡萄病毒A 检测 实时荧光定量RT-PCR 常规RT-PCR
2018/12/24
根据文献报道和GenBank已登录序列设计引物建立了葡萄病毒A（Grapevine virus A，GVA）SYBR GreenⅠ染料法实时荧光定量RT-PCR检测技术体系。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈现良好线性关系，扩增效率为99.2%，决定系数为0.999，可特异性检测GVA，灵敏度高（达常规RT-PCR的100倍），重复性好。对不同季节、不同品种以及不同部位葡萄样品（嫩叶、嫩叶柄、老叶...
主要果树病毒实时荧光定量PCR检测技术研究进展
果树 病毒 实时荧光定量PCR
2018/11/8
综述了苹果、梨、柑橘、葡萄和香蕉病毒的实时荧光定量PCR检测技术研究进展，并对今后主要研究方向进行了讨论和展望。
以朱顶红（Hippeastrum vittatum）不同组织器官为试验材料，通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因（ACT）、亲环蛋白基因（CYP）、转录延伸因子基因（EF-1α）、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因（GAPDH、GAPDH2）、α微管蛋白基因（TUA）和β微管蛋白基因（TUB）这7个常用的看家基因的表达水平，并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达...
芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus，TuMV）是白菜类蔬菜生产上的重要病害，其中TuMV VPg 基因在TuMV 侵染白菜类蔬菜的过程中起着至关重要的作用，且不同TuMV 株系的致病性不同。本试验采用改良的重叠延伸PCR（SOE-PCR）技术，以TuMV C4-VPg 基因序列为模板，定点突变TuMV C4-VPg 与TuMV CDN1-VPg 基因间5 个差异核苷酸位点（决定5...